Instytucja inkwizycji przez kilkaset lat wywolywala ogromne kontrowersje i nic nie wskazuje, aby w najblizszym czasie ow stan rzeczy mial ulec zmianie. Dostrzega sie w niej zarowno dowod na lamanie przez Kosciol zasad ujetych w Pismie Swietym, jak i koniecznosc obrony przez zalewem herezji. CZesto widzi sie w inkwizytorach duchownych, stojacych na strazy wladzy i wplywow koscielnych hierarchow.