U pacjentów z Hashimoto często występują refluks, niedobory pokarmowe, anemia, przepuszczalne jelito, alergie pokarmowe, choroby błon śluzowych jamy ustnej i hipoglikemia, jako dodatek do typowych objawów niedoczynności tarczycy, takich jak przyrost wagi, nietolerancja zimna, utrata włosów, zmęczenie i zaparcia.