Powrót słów kluczowych do praktyki informacyjnej zrodził nowe problemy natury zarówno teoretycznej, jak i praktycznej. Przede wszystkim dotyczą one efektywności używania słów kluczowych w etykietowaniu i wyszukiwaniu informacji w wielkim, uniwersalnym i słabo kontrolowanym systemie rozproszonym (w poprzedniej epoce rozwoju systemów informacyjnych słowa kluczowe używane były w stosunkowo małych, kontrolowanych systemach dziedzinowych), ale także teoretycznego problemu tożsamości obecnie używanych słów kluczowych z dawnymi klasycznymi i nieklasycznymi językami słów kluczowych, i ich relacji do języka naturalnego używanego w funkcji metainformacyjnej.