Historia Narodowego Muzeum Archeologicznego łączy się z dziejami powstania niepodległego państwa greckiego i z oszałamiającymi odkryciami archeologicznymi, które ukazały światu nieznane dotąd aspekty kultury greckiej. W 1829 roku Grecja została niepodległym państwem, a władze, pragnąc umocnić odzyskaną tożsamość polityczną i kulturalną, postanowiły założyć muzeum centralne, które utworzono w Eginie.