II tom porusza takie m.in. kwestie, jak papieskie krucjaty antyhusyckie, apogeum i upadek nepotyzmu, zamachy na papieży i zamachy papieskie, najposępniejsze wynalazki kościelne: inkwizycję i polowania na czarownice, militaryzację Państwa Kościelnego, udział w wojnach włoskich i przeciwdziałanie zjednoczeniu Włoch, narodziny praktyki przenoszenia przestępnych księży z parafii na parafię, afery pedofilskie kleru w XVII w., proceder kastrowania młodych chłopców na potrzeby chórów kościelnych, rozwój kanonicznych aktów antyżydowskich, nowożytne ludobójstwa kościelne (waldensi, kamizardzi), sankcjonowanie „sprawiedliwego królobójstwa”, rolę papiestwa w dymitriadach – polskich awanturach antyrosyjskich, udział papiestwa w handlu niewolnikami (papieże nie tylko wydawali prawa wspierające proceder obrotu niewolnikami, ale i osobiście kupowali niewolników; współtworzyli też ideologię niewolnictwa – podobnie jak wyróżniano wojnę sprawiedliwą, tak i formułowano koncepcje niewolnictwa sprawiedliwego), a ponadto wiele innych.