Modlitwa i medytacja zajmuje w życiu św. Franciszka centralne miejsce. Stanowią one fundamentalną tajemnicę jego osoby; są źródłami, z których czerpie. Pod tym stwierdzeniem podpisze się każdy, kto odwiedza franciszkańskie miejsca: San Damiano i Carceri w pobliżu Asyżu oraz — jak gniazda jaskółcze przyklejone do zbocza góry — pustelnie w Loggio Bustone, Greccio i Fonte Colombo w dolinie Rieti. Także Celle di Cortona (Le Celle), Monte Casale, Narni i Alwernia świadczą wymownie o tym, jak chętnie Franciszek oddalał się na modlitwę i medytację. W cichym odosobnieniu prawie niedostępnych szczytów górskich, cienistych dębowych gajów i dziewiczych lasów odnajdywał spokój, a poprzez kontakt ze stworzeniem — także kontakt ze Stwórcą. W nietkniętej przyrodzie dotykał brzegu Niedotykalnego, o którym psalmista mówi: O Boże mój, Panie, jesteś bardzo wielki! Odziany we wspaniałość i majestat, światłem okryty jak płaszczem (PS 104, 1-2).