Rozliczenia VAT i ewidencja księgowa operacji dotyczących VAT w państwowych i samorządowych jednostkach budżetowych oraz w samorządowych zakładach budżetowych są skomplikowane. Dotychczas podmiotowość prawno-podatkowa wymienionych jednostek organizacyjnych nie była kwestionowana. Sytuacja w tym zakresie zmieniła się w 2013 r. w związku z sentencją uchwały NSA z czerwca 2013 r., stanowiącej, że w świetle art. 15 ust. 1 i 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami podatku od towarów i usług.