Dysbakterioza to nie tylko zaburzenie składu mikroflory jelit, lecz również wszystkie choroby bakteryjne poza jelitem grubym, w większości przypadków stanowiące wtórny objaw pierwotnej dysbakteriozy jelitowej. Można do nich zaliczyć infekcje dróg urogenitalnych, oddechowych, infekcje trzustki, dwunastnicy, pęcherzyka żółciowego oraz zapalenia wszystkich błon śluzowych, skóry itd.