Podatnicy VAT narażeni są na wiele sankcji i kar. Część z nich wynika z błędów w rozliczaniu VAT. W takich przypadkach podatnikom grozi utrata prawa do odliczenia lub stosowania obniżonej stawki VAT. Ponadto od 1 stycznia 2017 r. w ustawie o VAT obowiązują nowe przepisy umożliwiające nakładanie na podatników sankcji w postaci dodatkowego zobowiązania podatkowego. Może ono wynieść 20, 30 a nawet 100 procent zaniżenia zobowiązania w VAT.