Obserwując zmiany chorobowe na roślinie, często zastanawiamy się czym są one spowodowane. W skrócie chorobę można określić jako reakcję na atak (zakażenie) czynnika sprawczego, którym często jest patogen. Wpływa on na przemiany biochemiczne, rozwój rośliny, a ostatecznym efektem jest zespół zmian na porażonym organie lub na całej roślinie. Zmiany te zależą od rodzaju ataku i gatunku patogenu, dlatego większość chorób można dość łatwo rozpoznać po zewnętrznych objawach. Są to przykładowo rdze, głownie czy mączniaki prawdziwe. Jest też dość duża grupa chorób, których objawy są niejednoznaczne (tzw. niespecyficzne) i mogą być wynikiem reakcji na różne czynniki. Przykładem tutaj są choroby wirusowe, których objawy mogą przypominać reakcję roślin na niedobory składników pokarmowych lub niekorzystne warunki środowiska. Istnieją także choroby, których rozpoznanie jest stosunkowo proste, ale trzeba wiedzieć, gdzie szukać cech rozróżniających.