Użytkowanie wieczyste wzbudza liczne kontrowersje w doktrynie i judykaturze oraz spory pomiędzy użytkownikami wieczystymi a właściwymi organami reprezentującymi właściciela. Problemy interpretacyjne ujawniają się zwłaszcza na tle aktualizacji opłat rocznych i stawek za oddanie gruntu w użytkowanie wieczyste. Wpływ na to ma fakt, że przepisy dotyczące użytkowania wieczystego znajdują się w różnych ustawach, a postępowanie aktualizacyjne zostało uregulowane zarówno przez ustawę o gospodarce nieruchomościami, jak i Kodeks postępowania administracyjnego oraz Kodeks postępowania cywilnego.